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Abstract
第27回日本分子生物学会年会(2004.12.8-11;神戸)
LAMP法を用いた簡易・迅速なSNP検出 〜poly-ethylenimineを用いた検出〜
平野 剛史、森 安義、米川 俊広、納富 継宣
(栄研化学株式会社)
真のテーラーメード医療を実現するためには、ベッドサイドや診療現場で行うことができる簡易・迅速な遺伝子増幅およびSNP検出法の確立が必要である。我々が独自に開発したLAMP(Loop-mediated isothermal Amplification)法は、簡便・迅速・精確を特徴とする等温増幅法であるため、ベッドサイドでの遺伝子増幅にも適している。我々は昨年度本学会年会においてLAMP法増幅産物の鋳型配列特異的検出法としてpoly-ethylenimineを用いた方法(以下、PEI法)を報告した。正に荷電したpoly-ethylenimineを負に荷電したLAMP法増幅産物に添加すると静電的結合による沈殿を形成する。PEI法は、この沈殿中のLAMP法増幅産物にDNAプローブがハイブリした場合のみにDNAプローブを含有した沈殿が形成されることを利用した検出法である。LAMP法増幅産物の量が非常に多量(>1μg/μl)であるという特長を利用すれば、多量の蛍光標識DNAプローブを検出に用いることができるため、沈殿中の蛍光の有無を容易に目視観察可能である。

今回は、PEI法を用いて鋳型上の一塩基の差異を検出できるかを検討した。すなわち、SNP部分を認識する蛍光標識DNAプローブを設定し、PEI法を用いてハイブリダイズの有無が検出できるかどうかを検討した。その結果、LAMP法増幅産物中のプローブ設定領域と完全に一致した蛍光標識DNAプローブを用いた場合にのみ、沈殿中の蛍光標識DNAプローブの蛍光が目視によって確認された。また、沈殿上清の蛍光値を測定した結果、完全一致した蛍光標識DNAプローブを用いた場合のみ、上清中の蛍光値が低下し、沈殿中に蛍光標識DNAプローブが分布していることが示された。これらの結果からPEI法によってLAMP法増幅産物中のSNPの目視検出が可能であることが明らかになった。

以上のように、LAMP法で遺伝子増幅し、SNP検出をPEI法を用いた目視検出で行うことにより、簡易なデバイスを用いたベッドサイドでのSNP検出が可能であると考えられる。現在、モデル系としてヒトのアルデヒドデヒドロゲナーゼ(ALDH2)遺伝子のエキソン12中のSNPを標的として検討中である。
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