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LAMP法の原理 

SNPsタイピング - LAMP法によるSNPsタイピングとは

LAMP法によるSNPsタイピングとは アニメーション
LAMP法によるSNPsタイピングは、LAMP法の高い特異性によって、近似する塩基配列を持つ遺伝子の中から標的遺伝子のみを増幅する方法です。また、その増幅反応特性(原理参照)から、複製する度に表裏両方のSNP箇所のチェックを行うため、1塩基の違いを厳密に区別し、増幅の有無だけでSNPsタイピングを1ステップで行うことができます。

更に、LAMP法の簡易性および迅速性により、簡易な30分以内の検出が可能です。
 特徴
6領域4種類のプライマーを設定することにより、近似配列が存在する中でも標的遺伝子配列のみを特異的に増幅することが可能。
1塩基の違いを厳密に区別する反応特性を持つ。
増幅反応の有無だけ(1ステップ)でSNPのタイピングが可能
 
 原理解説
下図は、Wild Type(WT)用のプライマーを用いた場合の原理説明となります。
プライマーは、FIP及びBIPの設計において、その5'末端にSNP(ここではWild Type allele)の1塩基がくるように設計します。
このWT用プライマーを用いることで、標的遺伝子がWT alleleの場合には、LAMP法の増幅サイクルの起点構造であるダンベル構造からのDNA合成反応が起こり、増幅反応が連続的に進行します。反対に、標的遺伝子がMutant(MUT) alleleである場合には、ダンベル構造からのDNA合成反応が起こらないため、増幅反応は進行しません。仮に、ミスコピーにより合成反応が起こったとしても、繰り返し同じ箇所がチェックされるため、増幅反応が止まるか、あるいは遅延することになります。



 
※Primer Explorer Ver.3, Ver.4でのプライマー設計は対応しておりません。
 
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